Pour les fonctionnaires titulaires, le temps partiel pour raison thérapeutique est défini dans l'article 34 bis de la loi n°84-16 du 11 janvier 1984 modifié par l'article 8 de l'ordonnance n°2017-53 du 19 janvier 2017. Une circulaire en date du 15 mai 2018 donne toutes les indications relatives à la mise en place du temps partiel pour raison thérapeutique.
Les fonctionnaires stagiaires dont le stage comporte un enseignement professionnel ou qui doit être accompli dans un établissement de formation n'ont pas droit à accomplir un service à temps partiel pour raison thérapeutique comme indiqué dans l'article 24 bis du décret n°94-874 du 07 octobre 1994. Ces deux conditions sont remplies pour les enseignants stagiaires qui entrent en formation en seconde année dans un INSPE.
Pour les agents contractuels, comme indiqué dans le troisième item de l'article 2 du décret n°86-83 du 17 janvier 1986, c'est l'affiliation aux caisses primaires d'assurance maladie qui leur permet de bénéficier d'une indemnité journalière en cas de travail temps partiel pour raison thérapeutique (article L323-3 du code de la sécurité sociale).
Aucune durée minimale d’arrêt de travail continu n’est maintenant exigée préalablement à l’octroi du temps partiel thérapeutique : le fonctionnaire peut donc bénéficier de ce dispositif dès lors qu’il a bénéficié d’un jour d’arrêt de travail.
La demande est présentée par l’agent à son employeur accompagnée d’un certificat médical favorable établi par son médecin traitant.
L'employeur transmet l'avis et les éléments du médecin traitant au médecin agréé.
De la même manière que le médecin traitant, le médecin agréé examine le fonctionnaire et rend un avis sur sa capacité à exercer ses fonctions à temps partiel thérapeutique, au regard des deux conditions d'éligibilité fixées par la loi (voir plus haut). Il fixe aussi la quotité et, si la demande est en lien avec un congé pour invalidité temporaire imputable au service, sur la durée de la période de temps partiel thérapeutique.
Le comité médical ou, quand le temps partiel thérapeutique fait suite à un congé pour invalidité temporaire imputable au service, la commission de réforme est saisi par l’employeur uniquement lorsque les avis du médecin traitant et du médecin agréé ne sont pas concordants.
L’employeur reçoit in fine soit le seul formulaire de demande de temps partiel thérapeutique, comportant les avis concordants du médecin traitant et du médecin agréé, soit ce formulaire, comportant les avis divergents des médecins, accompagné de l’avis du comité médical ou de la commission de réforme.Les différents avis médicaux relatifs au temps partiel thérapeutique ne lient pas l’employeur. Il doit apprécier la demande au regard de ces avis.
Lorsqu’il a pris sa décision, l’employeur en informe le fonctionnaire ainsi que le médecin agréé et, le cas échéant, le comité médical ou la commission de réforme. Il est également souhaitable d’en informer le médecin de prévention du travail.
Après un congé de maladie ordinaire de plus de douze mois consécutifs, un congé de longue maladie ou un congé de longue durée, le fonctionnaire ne peut reprendre ses fonctions à l'expiration ou au cours dudit congé que s'il est reconnu apte, après examen par un médecin agréé et avis favorable du comité médical compétent. Le comité médical doit donc d'abord se prononcer sur la reprise du service avant de se prononcer sur la pertinence du temps partiel thérapeutique.
Avant la reprise du travail, le médecin traitant prescrit à l'agent contractuel une reprise à temps partiel pour motif thérapeutique.
Ce dernier adresse ensuite cette prescription à sa caisse primaire d'assurance maladie (volets 1 et 2) et à son supérieur hiérarchique (volet 3).
L'employeur donne son accord de principe, sous réserve de l'avis favorable du médecin du travail et dans le respect des préconisations émises.
Le médecin conseil de la caisse primaire d'assurance maladie donne un avis favorable ou non au paiement d'indemnités journalières.
L'agent doit s'accorder avec son employeur sur la répartition des heures de travail et la rémunération versée.
Le temps partiel thérapeutique peut être accordé selon les modalités de durée et de quotité suivantes :
| Origine du tiers temps thérapeutique | Durée et périodicité | Quotité |
| un congé de maladie ordinaire | un an maximum par affection, par période de trois mois | comme pour le temps partiel sur autorisation |
| un congé de longue maladie | ||
| un congé de longue durée | ||
| un congé de grave maladie | ||
| une affection de longue durée | ||
| un congé pour accident de service ou maladie professionnelle | un an maximum, par période allant jusqu'à six mois | |
| un congé pour invalidité temporaire imputable au service |
Le fonctionnaire qui a déjà bénéficié de douze mois de temps partiel thérapeutique au cours de sa carrière et qui sollicite une nouvelle période de temps partiel thérapeutique, doit apporter au médecin agréé toutes pièces permettant de démontrer que cette nouvelle demande est déposée au titre d’une autre affection que les précédentes.
Le fonctionnaire perçoit son traitement en totalité tandis que le contractuel perçoit un salaire de son employeur et des indemnités journalières d'assurance maladie (lire la circulaire n°DSS/SD2/2015/179 du 26 mai 2015 pour connaître les modalités d'attribution des indemnités journalières).
En ce qui concerne la retraite, pour le fonctionnaire, le tiers temps thérapeutique est considéré comme du plein temps tandis que pour le contractuel, les indemnités journalières ne sont pas prise en compte dans le calcul du nombre de trimestres validés ni dans celui du salaire annuel moyen.
Pour tous, les périodes de temps partiels thérapeutiques sont considérées comme du temps plein s'agissant des droits à l'avancement, à la formation, à l'ouverture des droits à un nouveau congé maladie.